高中生瑞科毕业后，在女友卡门的鼓动下，违背父亲意志加入机械化步兵学院，卡门亦加入海军学院。他们参加训练不久，地球遭到外星球昆虫袭击。瑞科的亲人惨遭杀害，卡门将拍摄到的影像传给了瑞科。悲愤交加的瑞科率领部下投入到对抗外星昆虫的战斗中。然而，军队低估了昆虫的实力。瑞科亲眼目睹恐怖的杀戮场面，意外获知这些昆虫变得如此聪明、强大的秘密。瑞科意识到必须制造更先进的武器才能对付这些昆虫，人类的反击开始了。

未来世界资源枯竭，人类派出承载最后希望的殖民星舰“昆仑山号”前往宇宙深空，探寻生存之路。漫长未知的航行使得章诚舰长和船员们都渐渐被负面情绪左右，颠覆想象的危机也悄然而至。在深空绝境中，生存成了最高优先级。内忧外患下，他们能否绝处逢生？人类火种，能否达到彼岸？

公元2300年，位于海里埃塔星域的军事王国对行星国家吉比宣战。由于实力悬殊，王国军队很快得到了全面胜利。此时，吉比国的防卫大学士官候补生们接替下投降政府未完成的使命，以有限的资金购买了宇宙战舰，并从此开始与王国展开了殊死搏斗。为了得到购买战舰的费用和运转资金，候补生们与银河网络电视签约，将宇宙空间中的战斗向全世界进行实况转播。失去了故乡，在孤立状态下战斗着的防卫大学的训练生们，利用覆盖整个银河网络的TV局与强敌—王国（kingdom）对抗。战斗舰（アマテラス）上的女性乘员既要因生命而战斗，又要偶尔为了维持